La administrarea orală, comprimate Flagyl pot produce metaboliți activi care prelungesc efectul antimicrobian dincolo de concentrația plasmatică inițială. Pentru tratamentul infecțiilor bacteriene, absorbția este de obicei foarte bună, însă alcoolul trebuie evitat din cauza reacțiilor adverse potențial intense. Interesant, dozajul Flagyl poate fi ajustat în funcție de localizarea infecției și de funcția hepatică, nu doar de greutatea corporală. Unele regimuri terapeutice valorifică și activitatea sa împotriva microorganismelor anaerobe din biofilme.